学科建设是实现人才培养、科学研究、社会服务、文化传承和引领四大功能的基础，是推动学院建设发展的首要因素。海洋信息工程学院坚持“突出重点、培植特色、加强应用”的学科建设方针，并将学科建设与学校定位紧密结合，努力推进面向海洋探测应用的电子信息类特色学科建设。
学院已于2021年获批电子信息（0854）专业硕士授权点，目前正在申请信息与通信工程（0810）一级学科硕士学位授权点。硕士授权点的获批将有力推动学院学科建设水平。
学院目前拥有省级“电子科学与技术特色实验教学示范中心”，该实验教学示范中心是2014年获批建设的第一批“海南省高校特色实验（实训）教学示范中心，并于2018年通过了海南省教育厅组织的验收，成为海南省第一批10所省级实验（实训）教学示范中心之一。
在十四五期间，学院将充分发挥已有平台优势，不断提高学科建设水平，促进科学研究能力和人才培养质量的提升。